每周一文摘（3）

上一篇 / 下一篇 2008-01-19 13:55:32 / 个人分类：生物信息文本挖掘

MeInfoText：将基因甲基化与文本挖掘获得的癌症信息关联起来

背景：DNA甲基化是一种重要的基因组的表观遗传修饰。异常的DNA甲基化会导致抑瘤基因的沉默并且在各种人类癌症细胞中常见。随着越来越多的表观遗传研究以电子格式发表，人们希望从生物医学文献中抽取出相关信息。为了便于开展表观遗传研究，我们开发了MeInfoText系统以提供文本中的基因甲基化信息。描述：MeInfoText根据从大量的文献中挖掘出来的相关关系信息，显现出基因甲基化与癌症之间相关性的信息，即各种类型人类癌症的基因甲基化概况，以及特定的某一类型肿瘤的基因甲基化的概况。此外，MeInfoText还提供搜集自因特网上的蛋白质间相互作用以及生物通路的集成信息。MeInfoText还提供因异常甲基化而与癌症发生有关的一组基因的通路聚类信息。系统还从每一个有关甲基化的文摘中搜集了抽取到的证据，其中用高亮来标注其关键词和基因名。该数据库目前存放在：http://mit.lifescience.ntu.edu.tw/，。结论：MeInfoText是一个提供综合性的基因甲基化和癌症相关关系信息的单一的数据库。它对现有的DNA甲基化信息起到补充的作用，并将有益于表观遗传研究和预防癌症。